Die erste Quelle, die das Benediktiner Zönobium von San Sebastiano beweist, ist die königliche Urkunde von Berengar I. vom 4. August 908; das Zönobium wurde vom Grafen Gariardo im “castrum” Fontaneto errichtet. Die Steine, die man im heutigen Schlossgebiet findet, sind wertvolle Beweise der vergangenen Geschichte. Römische Materialien und Bruchstücke von liturgischen Ausstattungen des 9. Jh., nicht üblich in der Gegend von Novara, veranlassen einerseits zum Äußern von Forschungsvermutungen über ihren Ursprung, andererseits bestätigen sie die kulturelle zentrale Lage des alten Benediktiner- und Grafensitzes im Mittelalter, in Kontakt mit den gehobenen Umwelten. Aus gründlichen Untersuchungen erfahren wir, dass Fontaneto schon in einer Urkunde des Jahres 945 erwähnt wurde, als “Gaiardo zum Grafen von castrum Fontaneto ernannt wurde”, und dann aus zwei Agrarvereinbarungen 1172 und 1222, als “Gemeinschaft Fontaneto” bzw. als “Dorf Fontaneto” (Prof. Ivana Teruggi). Sicherlich war diese Ortschaft im Mittelalter sehr wichtig, wenn man denkt, dass 1057 der Erzbischof von Mailand die wichtige “Synode von Fontaneto” bei der Abtei anberaumte; während dieser Synode entschieden die anwesenden Bischöfe, gegen die von Ariald und Landulf angeführte Bewegung der Pataria zu kämpfen. Verschiedene politisch-religiöse Ereignisse folgten einander während der Jahrhunderte. Im Jahre 1456 errichtete Filippo Maria Visconti ein wichtiges Schloss mit der Strenge der Sforza, und zwar auf Überresten anderer Gebäude, von denen man noch heute die Spuren sehen kann: vor allem die “Lobbia”, von Regalen aus Serizzo-Steinen gestützt, und der Fries aus Backsteinen mit einer Reihe von als Fresko bemalten Wappen aus dem ersten Jahrzehnt des 16. Jh.. Am 13. Juni 1639 ist Fontaneto Mittelpunkt einer französisch-spanischen Belagerung: ein Tag von Kämpfen hat zur Zerstörung aller Häuser des Dorfes und des Glockenturms der Pfarrkirche gebracht, und auch das Schloss erleidet schwere Strukturschäden an den Ecktürmen: Nach wenigen Jahren, gegen Ende des 17. Jh., existierte das Schloss nicht mehr: man sprach nur von Palästen und Volkswohnungen. Die Visconti verblieben in Fontaneto für das gesamte 18. Jh.; dann wurde das Schlossgebiet in verschiedenen Besitzen geteilt, und noch heute ist es Privatbesitz.