L’edificio che ospita il Museo ha origini antiche: l’ex Convento dei frati Francescani, poi divenuto sede vescovile e asilo comunale, è il risultato di più interventi di ristrutturazione databili dal XVII al XX secolo.
Si sviluppa attorno al chiostro rettangolare e porticato su tre lati; l’ala meridionale, che al piano terra ospita la biblioteca civica è un rifacimento ottocentesco, mentre il corridoio, a oriente, conserva le volte a crociera secentesche. Il lato occidentale del chiostro è chiuso da una manica vetrata del XX secolo. Il Museo è articolato in due sezioni: l’etnografica e l’archeologica. La prima vanta un’ampia e preziosa collezione di oltre 200.000 pezzi, eloquente testimonianza della vita civile, artistica, artigianale e agricola di un passato strettamente connotato col territorio. Attraverso una sessantina di sale espositive, il visitatore ripercorre gli aspetti della vita di fine XIX e inizio XX secolo e rivive nell’ambientazione e negli arredi le tradizioni e gli usi locali. La sezione archeologica è invece collocata in un’ala ristrutturata del complesso. Fra i reperti provenienti da Pombia, risalenti alla civiltà golasecchiana (VII-V secolo a.C.), si possono ammirare il bicchiere della birra e una splendida collana di ambra. I ritrovamenti della necropoli di Oleggio-Loreto, databili dal II secolo a.C. al IV secolo d.C., documentano la presenza dei Vertamocori, abitanti di origine celtica, e la romanizzazione del territorio. Da segnalare, tra i reperti oleggesi, i corredi dei guerrieri e gli utensili utilizzati nelle attività pastorizie e nella cura della persona.