Risale al 1514 la consacrazione della chiesa di S. Francesco, fu infatti in seguito all’interessamento di Francesco Vimercati che si arrivò alla trasformazione di quella che era la chiesetta di Santa Barbara, nel cenobio dei padri osservanti.
A una struttura esterna spoglia e austera fa da contraltare un interno intensamente decorato; ad un’unica navata adorna di sei cappelle laterali, tre per lato comunicanti tra loro, dedicate a S. Francesco, S. Antonio da Padova, S. Diego, S. Maria Maddalena, a S. Mauro e alla Passione, un transetto piuttosto corto e un presbiterio quadrato dotato di un coro rettangolare sul fondo.

A causa di alterne vicende dovute a innumerevoli passaggi di proprietà tra il demanio pubblico e l’ente ecclesiastico, la chiesa cadde in disuso per quasi due secoli, fino a quando, acquisita definitivamente dalla parrocchia, negli anni tra il 1985 e il 1990 venne condotta una grande opera di restauri, in particolare del presbiterio e del transetto, che ci hanno restituito questo gioiello seicentesco.

Numerosi furono gli artisti illustri che si avvicendarono per la decorazione dell’apparato interno dalla fine del cinquecento all’inizio del settecento, a partire dal Cerano, autore degli affreschi della zona del presbiterio raffiguranti la Caduta di Saul e Saul riconquista la vista.
Al quarto e quinto decennio del XVII secolo risalgono le decorazioni dell’arco trionfale e delle due Cappelle laterali dedicate a San Francesco e Sant’Antonio da Padova ad opera dei fratelli Lampugnani.
I restanti quattro sacelli videro la conclusione dei lavori tra il settimo e l’ottavo decennio del seicento ed ebbero presumibilmente nel Montalto un regista comune dei lavori, tesi non comprovata da documenti ma che spiegherebbe la presenza di autori meno noti ma gravitanti attorno al maestro. Alla sua mano sono attribuibili le decorazioni delle Cappelle di San Bernardino (poi S. Mauro) e della Passione di Cristo, mentre a Giovanni Battista del Sole quella di San Diego.
Più complessa è la situazione per ciò che riguarda la Cappella della Maddalena, se si può ipotizzare con una buona probabilità che l’autore della pala d’altare sia Giovan Battista Costa rimane invece oscuro l’artefice degli affreschi.
Infine all’ottavo decennio del seicento è databile la presenza dei fratelli Nuvolone artefici della decorazione della zona presbiterale e del soffitto del coro. In prevalenza è riconoscibile il tratto di Giuseppe come autore della Trinità, dell’Assunta e La Cena di Emmaus.