El diploma real de Berengario I del 14 de agosto de 908 es hoy en día la primera fuente que atestigua el Cenobio benedictino de San Sebastián, construído por el conde Gariardo, en el “castrum” de Fontaneto. Las piedras que se hallan en el área del castillo actual son preciosos testimonios historicos. Materiales romanos y fragmentos de mobiliario litúrgico del siglo IX, inusuales en el territorio noverés, si por un lado inducen a formular hipótesis de investigación sobre sus orígenes, por otro confirman la centralidad cultural de la antigua sede benedictina y condal en la Edad Media, en contacto con entornos más cultos. Exhaustivos estudios muestran que Fontaneto ya se cita en un diploma de 945, cuando “Gariardo es llamado comite de castro Fontaneto”, y luego también en dos pactos agrarios de 1172 y de 1222, respectivamente como “comunidad de Fontaneto” y como “burgo de Fontaneto” (prof. Ivana Teruggi). Es cierto que la localidad en la Edad Media era de primaria importancia, si se piensa también en el hecho de que cerca de la abadía, en 1057, el archiobispo de Milán convocó el importante “Sínodo de Fontaneto”, durante el cual los obispos presentes decidieron combatir el movimiento de la Pataria, guiado por Arialdo y Landolfo. Varias fueron las vicisitudes político-religiosas durante los siglos en el burgo. En 1456 Filippo Maria Visconti construye un importante castillo en el estilo de los Sforza, sobre los restos de anteriores edificios, donde todavía se pueden ver amplios restos: en primer lugar la “lobbia”, soportada por grandes repisas de granito, luego se puede ver un friso en terracota con una serie de emblemas pintados durante los primeros diez años del 1500. El 13 de junio de 1639 Fontaneto se encuentra en el centro de un asedio franco-español: un solo día de batalla determinó la destrucción de todas las casas del pueblo, del campanario parroquial e incluso el castillo sufrió graves daños estructurales en las torres angulares. Dentro de pocos años, hacia finales del siglo XVII, el castillo ya no existía: solo se hablaba de palacios y viviendas nobiliarias. Los Visconti se quedaron en Fontaneto a lo largo todo el siglo XVIII; luego, el área del castillo fue dividida en varias propiedades y hoy en día sigue siendo una vivienda privada.